Bahâeddin’in sözleri başkalarının telif ettiği eserler yoluyla günümüze intikal etmiştir. Bunların başlıcaları Fahreddin Ali Sâfî’nin Reşeḥât’ı, Abdurrahman-ı Câmî’nin Nefeḥât’ı, Selâhaddîn-i Buhârî’nin Enîsü’ṭ-ṭâlibîn’i ve en önemlisi Hâce Muhammed Pârsâ’nın Risâle-i Ḳudsiyye’sidir.
Bahaeddin'in sözleri başkalarının telif ettiği eserler yoluyla günümüze intikal etmiştir. Bunların başlıcaları Fahreddin Ali Safî'nin Reşeḥat'ı, Abdurrahman-ı Camî'nin Nefeḥat'ı, Selahaddîn-i Buharî'nin Enîsü'ṭ-ṭalibîn'i ve en önemlisi Hace Muhammed Parsa'nın Risale-i Ḳudsiyye'sidir. Parsa (ö. 822/1419) Buhara'nın önemli alimlerinden biri olup Bahaeddin'in önde gelen halifelerindendir. Bahaeddin Nakşibend'in bir hac esnasında onu başhalife olarak tayin ettiği sanılmaktadır. Bazı rivayetlere göre Bahaeddin bu tayini ölüm yatağında iken de tekrarlamış, ancak damadı Hace Alaeddin Attar başhalife olarak ortaya çıkmıştır. Nakşibendî silsilesinin sürdürülmesini sağlaması bakımından en önemli halifesi Mevlana Ya'kūb-i Çerhî'dir (ö. 851/1448). Çerhî'nin yetiştirdiği Ubeydullah Ahrar (ö. 895/1490), Nakşibendî tarikatının Orta Asya'da en önemli tarikat olmasını ve bütün İslam dünyasına yayılmasını sağlamıştır. Bahaeddin'in, mensup olduğu silsilenin herhangi bir parçası olarak görülmeyip merkez halka sayılmasının sebebini tesbit etmek zordur. Nakşibendî silsilesinin Bahaeddin'den önceki devirleri hakkında bilgi veren kaynaklara göre tarikat, Yûsuf el-Hemedanî zamanından Bahaeddin zamanına kadar, Hemedanî ve ardından gelenlerin taşıdığı 'hace' lakabına işaret olarak 'tarîk-i hacegan' diye anılmakta iken Bahaeddin'den itibaren 'tarîk-i Nakşibendî' adıyla tanınmıştır (bk. Bağdadî, s. 22). Öte yandan Bahaeddin'in ölümünden bir asırdan fazla bir zaman geçtikten sonra Abdurrahman-ı Camî tarikatın usullerini anlatan risalesine Serrişte-i Ṭarîḳ-i Ḫacegan (Kabil 1343 hş.) adını vermiştir. Nakşibendiyye tarikatının başlangıcı, tarikatın prensiplerini 'kelimat-ı Kudsiyye' olarak bilinen Farsça sekiz terimle (bk. HÂCEGÂN) özetleyen ve kendisinden hacegan silsilesinin ilk halkası olarak bahsedilen Abdülhaliḳ-ı Gucdüvanî'ye kadar götürülebilir. Nitekim Bahaeddin'in Gucdüvanî'nin ruhaniyetine intisabı onun silsiledeki önemini ortaya koymaktadır. Bahaeddin'in, silsilenin daha önceki mensuplarınca zaman zaman uygulanan hafî zikir üzerindeki ısrarı onun adını taşıyan tarikatın hüviyetini tayin edici bir rol oynamıştır. Daha sonra gelen İmam-ı Rabbanî (ö. 1034/1624) ve Halid el-Bağdadî (ö. 1242/1827) gibi Nakşibendî müceddidleri yeni ve müstakil tarikat kurucuları değil Nakşibendiyye tarikatının muhtelif kollarının kurucuları olarak görülürler. Bahaeddin'in manevî gelişmesinde Yeseviyye vasıtasıyla Türk tesirinin de göz ardı edilmemesi lazımdır. Nakşibendîlik Bahaeddin'in ölümünden üç nesil sonra Orta Asya Türk kavimleri arasında yayılmaya ve giderek evrensel bir çekicilik kazanmaya başlamıştır. Bahaeddin'e nisbet edilen bazı şiirlerle Silkü'l-envar, Hediyyetü's-salikîn ve tuḥfetü'ṭ-ṭalibîn (Hediyyetü'l-ʿarifîn, II, 173; Keşfü'ẓ-ẓunûn, II, 2042), Ḥayatname, Delîlü'l-ʿaşıḳīn (Hüseyin Vassaf, II, 8-18) gibi risaleler büyük bir ihtimalle ona ait değildir. Şah-ı Nakşibendi Hazretleri, ilk zamanlarındaki hallerinden bahsederek buyurmuştur ki: 'Biz üç kimse idik. Hak yolunda ilerlemeye koyulduk. Ama benim himmetim, bütün masivadan yani Allah' dan başka her şeyden geçip, Hak Teala hazretlerine kavuşmak idi. Bunun için Allahü Tealanın yardımı erişerek, beni bütün masivadan kurtardı ve maksadıma kavuşturdu. Mürşidi Seyyid Emir Külal de, gizli ve açık zikri birleştirmişti. Açık zikir başladığında, Şah-ı Nakşibend, zikir halkasından çıkarlar. Bu hal öbür müritlere ağır gelirdi. Şah-ı Nakşibend, bu kızmalara hiç aldırmaz ama mürşidinin hizmetinden bir an bile geri durmazdı. Seyyid Emir Külal ölüm döşeğinde. Şah-ı Nakşibend'e bağlanmalarını isteyince, müritler: 'Fakat o açık zikirde bize tabi olmamış' dediler. Emir Külal hazretleri cevap verdi: 'Onda gördüğünüz her şey, Allah (c.c)' ın izniyledir. Onun iradesinin dışındadır. Ve Şah.. Bu tarikatın ser tacı… Buyurdular: 'Biz; sevgiliye eriştirmeye vasıtayız, yola düşenlere gerektir ki; sonunda bizden kesilip, sevgiliye ulaşsınlar.' Buyurdular: 'Bizim tarikatımız sohbettir. Halvette şöhret, şöhrette afet vardır. Hayır cemaattedir
